微生物發酵作為一種開發替代蛋白質產品的新方法，已經引起了人們越來越多的興趣。微生物發酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。微生物發酵生產水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養條件。
微生物發酵作為一種開發替代蛋白質產品的新方法，已經引起了人們越來越多的興趣。微生物發酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。微生物發酵生產水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養條件。
微生物發酵在我國擁有悠久的應用傳統，但生產工藝和品質控制規范化、標準化還有待提高，安全性、有效性評價體系還不完善，監督管理制度還不夠健全。微生物是生態系統的重要構成部分，在物質循環中具有非常重要的作用。微生物具有多種優勢特點，如廣譜、高效、無污染、安全等，伴隨高科技的介入使微生物的開發，成為一個新興的戰略型產業，微觀世界的開發現在已經使農業生物化成為農業發展中的重要分支。
微生物發酵技術可以改善一些植物或者動物食品的特殊味道。例如乳酸菌、酵母菌在第二次發酵后可以去除甘草的腥味，使甘草提取液口感酸爽，具有酒香。除此之外，微生物的發酵還能不同程度地影響食品中多糖、蛋白質、脂肪等營養成分的含量、組成以及存在形式，同時，對于氨基酸、總黃酮、脂類等，一定的生物轉化可以提高其營養價值，使其化學組成更均衡。
隨著“十四五”規劃和國家多項農業政策的實施，微生物技術將發揮重大作用。隨著消費者對食品功能需求不斷地提高，微生物發酵技術也在不斷地發展。有針對性的管控食品品質，也將持續作為微生物發酵的研究方向。
農用微生物菌種主要有用于飼料發酵菌種、生物肥發酵菌種、生物農藥菌種。農業微生物布局農業發展全產業鏈條，在可持續發展戰略中可謂“大有可為”。
農業微生物可有效緩解資源短缺、糧食需求、生態環境污染等壓力，主要表現在以下幾方面：其一，可以利用微生物技術處理，實現廢棄物的無害化和再利用;其二，微生物農業是具有高科技生物工程內涵的“發酵工程”和“酶工程”，可以實現農產品的工廠化生產，緩解糧食緊缺的矛盾;其三，可以改善農業生態環境，實現農業可持續發展。
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